Frá árinu 2018 hafa stór skip sem að leggja við hafnir innan ESB einnig verið hluti af viðskiptakerfinu. Árleg losun CO2 vegna sjóflutninga er um 1.000 milljón tonn á ári, og ber ábyrgð á um 2,5% heildarlosun gróðurhúsalofttegunda. Því þurfa stór skip (yfir 5.000 GT) að vakta losun á leiðum á ferðum til, frá og á milli hafna innan ESB, og skila inn árlegri losunarskýrslu líkt og flugrekendur og iðnaður frá 1. janúar 2018. Eins og staðan er í dag munu þó engin skip vera í umsjá Íslands, þar sem að þau íslensku skip sem að ná þessari þyngd og myndu falla undir kerfið eru skráð með heimahöfn í öðrum ríkjum.